lunes, 28 de mayo de 2012

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INSTITUTO TECNOLOGICO
DE CD. ALTAMIRANO GRO

LIC: BIOLOGIA


MATERIA:
 Biología molecular


Que presenta: Francisco Javier Puche Acosta


Unidad VIII:
"Niveles de regulación de la expresión genética"



Alumno: Jovanny Uriel Arzate Chávez





                          SEMESTRE Y GRUPO:
VI SEMESTRE “A”

CD.ALTAMIRANO, GRO.                   28/Mayo/2012




OBJETIVO:
Integraremos los conocimientos anteriores con los mecanismos de regulación genética para entender a nivel molecular los procesos metabólicos.






INTRODUCCIÓN

Los organismos multicelulares complejos están compuestos de diferentes tejidos cuyas características individuales dependen de las proteínas específicas expresadas por sus tipos celulares. La diferenciación,  el desarrollo y la funcionalidad  de los tejidos específicos dependen  del conjunto de proteínas selectivamente expresadas por cada célula. Estas proteínas expresadas en forma diferencial pueden  funcionar como componentes estructurales de las células, enzimas reguladoras del metabolismo, factores de transcripción,  receptores celulares, componentes intracelulares de señalización, etc.
La expresión incorrecta de tales proteínas, su expresión en lugares equivocados, a destiempo, o la producción en cantidades anormales de proteínas específicas o de proteínas de función anómala subyace a toda patología celular de base genética.
Por consiguiente el conocimiento de los mecanismos de regulación de la expresión proteica en eucariontes  contribuirá al conocimiento de las bases moleculares de diversas patologías.



En las células eucariotas, la capacidad de expresar proteínas biológicamente activas resulta de  diferentes niveles  regulatorios.




METODOLOGÍA




Control de la Expresión Génica en Procariotas
En las bacterias, los genes son agrupadas en operon: grupos de genes que codifican las proteínas necesarias para llevar a cabo la coordinación función, tales como la biosíntesis de un determinado aminoácido. ARN que se transcribe a partir de procariotas operon es polycistronic un término que implica que varias proteínas están codificados en un solo transcripción.
En bacterias, el control de la tasa de iniciación transcripcional es el predominante sitio para el control de la expresión génica. Al igual que ocurre con la mayoría de los genes procariotas, apertura está controlada por dos elementos de la secuencia del ADN que son aproximadamente 35 bases y 10 bases, respectivamente, río arriba del sitio de transcripción inicio y, como tales, son identificados como los –35 y –10 posiciones. Estos 2 secuencia de elementos que se denominan promotor secuencias, porque promover el reconocimiento de la transcripción empezar por sitios de la ARN polimerasa. La secuencia de consenso para la posición –35 TTGACA, y para la posición –10, TATAAT. (La posición –10 es también conocido como Pribnow la caja.) Estas promotor secuencias son reconocidos y en contacto con la ARN polimerasa.
El actividad de la ARN polimerasa en un determinado promotor a su vez es regulada por interacción con las proteínas accesorias, que afectan a su capacidad para reconocer iniciar sitios. Estas proteínas reguladoras pueden actuar positivamente tanto (activadores) y negativamente (represores). El promotor de la accesibilidad procariotas regiones de ADN es, en muchos casos, regulado por la interacción de con secuencias de proteínas denominados operadores. Ya que se ha indicado anteriormente, procariotas genes que codifican las proteínas necesarias para realizar la función coordinada se agrupan en operon.
Un ejemplo clásico de un catabolite operon regulado es la lac operon, responsable para la obtención de energía a partir de β-galactósidos tales como la lactosa. Un ejemplo clásico de un operón atenuada es la trp operón, responsable de la biosíntesis de triptófano.

 

 

 


Control de Genes en Eucariotas


En células eucarióticas, la habilidad para expresar las proteínas biológicamente activas en virtud de la regla viene a varios puntos:




1.Estructura de la Cromatina: La estructura física del ADN, tal como existe compactada en cromatina, pueden afectar a la capacidad de regulador transcripcional de proteínas (lo que se denomina factores de transcripción) y ARN polimerasas para encontrar el acceso a determinados genes y para activar la transcripción de ellos. La presencia de modificaciones de las histonas y CPG de metilación más afectan a la accesibilidad de la cromatina a ARN polimerasas y factores de transcripción.
2. Epigenéticos de Control: Epigénesis se refiere a cambios en el patrón de expresión de genes que no se deben a los cambios en el composición de nucleótidos del genoma. Literalmente "epi" significa "en" por lo tanto, epigenética significa "sobre" el gen en contraposición a "por" el gen.
3. Transcripcional Iniciación: Este es el modo más importante para el control de la expresión de los genes eucariotas (véase a continuación para más detalles). Factores específicos que ejercen el control de incluir la fuerza de los elementos promotor dentro de la secuencias de ADN de un gen, la presencia o ausencia de secuencias potenciador (que aumentan la actividad de la ARN polimerasa en una dado por el promotor vinculante factores de transcripción específicos), y la interacción entre múltiples activador inhibidor de las proteínas y las proteínas.
4. Transcripción de Procesamiento Modificación y: ARNm eucarióticas debe ser limitado y polyadenylated, y los intrones deben ser eliminados con precisión (véase la síntesis de ARN Page). Varios genes han sido identificado que se someten los tejidos-patrones específicos de splicing alternativo, que generar proteínas biológicamente diferentes del mismo gen.
5. Transporte de ARN: Un procesado totalmente ARNm debe abandonar el núcleo en para ser traducido a proteína.
6. Transcripción de Estabilidad: A diferencia de ARNm procariotas, cuyas vidas medias son todos en el rango de 1 a 5 minutos, ARNm eucarióticas puede variar mucho en sus estabilidad. Algunos han inestable transcripciones secuencias (predominantemente, pero no exclusivamente, en el 3'-no traducido regiones) que son señales de una rápida degradación.
7. Traslacional Iniciación: Dado que muchos ARNm tiene múltiples codones metionina, la capacidad de los ribosomas para reconocer y poner en marcha a partir de la síntesis correcta puede codón AUG afectan a la expresión de un gen producto. Varios ejemplos han surgido lo que demuestra que algunas proteínas eucariotas iniciar en no-AUG codones. Esto fenómeno se ha conocido que se produzca en E. coli durante bastante tiempo, pero sólo recientemente se ha observado en ARNm eucarióticas.
8. Pequeños ARN y el Control de los Niveles de Transcripción: En los últimos años un nuevo modelo de regulación génica ha surgido que implica el control ejercido por los pequeños no codificante ARN. Este pequeño ARN-mediado de control puede ser ejercido ya sea en el nivel de la traducibilidad de los ARNm, la estabilidad del ARNm o a través de cambios en la estructura de la cromatina.
9. Modificación: Común modificaciones incluyen glicosilación, acetilación, acilación grasos, disulfuro de formaciones de bonos, etc
10. Proteínas de Transporte: Con el fin de que las proteínas a ser biológicamente activas después de la traducción y transformación, que deben ser transportados a su lugar de acción.
11. Control de la Estabilidad de Proteínas: Muchas proteínas son rápidamente degradadas, mientras que otros son muy estables. Específicas secuencias de aminoácidos en algunas proteínas se ha demostrado para lograr la rápida degradación.




conclusión 

En esta unidad el profesor nos presentó como es que se lleva cabo la regulación de la expresión genética a través de algunos genes. Además de enseñarnos que es muy distintas la regulación de la expresión genética en procariontes comparados con los eucariotas. También se nos mencionaron algunos genes reguladores y los operon lactosa y triftofano.

Cabe mencionar que hay proteínas que modulan la transcripción, y algunas proteínas actúan como activadores. También están los coactiva dores que ayudan a activar la transcripción




jueves, 17 de mayo de 2012

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INSTITUTO TECNOLOGICO
DE CD. ALTAMIRANO GRO

LIC: BIOLOGIA


MATERIA:
 Biología molecular


Que presenta: Francisco Javier Puche Acosta


Unidad VII:
 Traducción del ARN mensajero



Alumno: Jovanny Uriel Arzate Chávez





                          SEMESTRE Y GRUPO:
VI SEMESTRE “A”

CD.ALTAMIRANO, GRO.                   16/Mayo/2012.






INTRODUCCIÓN

El ARN mensajero es el que lleva la información para la síntesis de proteínas, es decir, determina el orden en que se unirán los aminoácidos.

















Esta información está codificada en forma de tripletes, cada tres bases constituyen un codón que determina un aminoácido. Las reglas de correspondencia entre codones y aminoácidos constituyen el código genético 











La síntesis de proteínas o traducción tiene lugar en los ribosomas del citoplasma. Los aminoácidos son transportados por el ARN de transferencia, específico para cada uno de ellos, y son llevados hasta el ARN mensajero, dónde se aparean el codón de éste y el anticodón del ARN de transferencia, por complementariedad de bases, y de ésta forma se sitúan en la posición que les corresponde.
Una vez finalizada la síntesis de una proteína, el ARN mensajero queda libre y puede ser leído de nuevo. De hecho, es muy frecuente que antes de que finalice una proteína ya está comenzando otra, con lo cual, una misma molécula de ARN mensajero, está siendo utilizada por varios ribosomas simultáneamente. 



OBJETIVOS

Conocer los eventos de síntesis proteica, la especificidad de la maquinaria enzimática y su implicación en la farmacología (inhibición de la síntesis proteica por antibióticos.



miércoles, 9 de mayo de 2012

conclusión

En esta unidad se nos explico que es la transcripción, los pasos para esta se lleve a cabo así como también conocimos que enzimas trabajan en este proceso.
La transcripción es el proceso mediante el cual se sintetiza ARN a través de ADN. Ademas se llevan a cabo tres pasos para la transcripción: el paso uno es la iniciación (es donde se reconoce el promotor y de aquí parten los demás pasos), elongación (donde se copean las cadenas) y terminación (donde se acaba el proceso). se hablo sobre los genes que transcriben las ARNpol, así como algunos otro procesos para la transcripción tales como: ayuste, riboedicion, y otros.

tipos de ayuste




Ayuste alternativo

Algunos genes son capaces de producir distintos transcritos que proporcionarán distintas proteínas. Esto se debe a que el transcrito primario tiene señales alternativas de ayuste que permiten a la célula seleccionar entre dos sitios 3’ diferentes para eliminar distintos intrones y exones. El patrón de ayuste de los intrones parece que se define desde el mismo momento de la iniciación, ya que viene dictado por:
  1. las SR, así como otras proteínas, que se unen al CTD durante la iniciación de la transcripción;
  2. unas secuencias en el mRNA que actúan como potenciadores del salto de un intrón o del salto de un exón.
Se han identificado casos de ayuste alternativo en:
  1. El antígeno T de SV40, la troponina T de ratón, o el gen tra de Drosophila melanogaster en la que el ayuste alternativo está regulado por el sexo.
  2. Los genes que sintetizan una proteína con distinto extremo amino para que se dirijan al citoplasma o la mitocondria; normalmente la forma mitocondrial o cloroplastídica es la más larga.
  3. El gen de la cadena pesada de la IgM (µ) produce una forma de membrana si aparecen todos los exones, mientras que la forma soluble carece de los exones 5 y 6 (los dos últimos) que le proporcionan el anclaje en la membrana.




Transayuste

A veces se ha observado que los exones de un mRNA maduro provienen de diferentes RNA primarios. Así, el 10% de los genes sufre ayuste en trans o transayuste en el nematodo Caenorhabditis elegans. También se ha detectado en las proteínas ribosómicas codificadas en el cloroplasto y en todos los mRNA del protozoo Trypanosoma brucei que tienen una secuencia común de 35 nt en su extremo 5’.
El transayuste comienza por una reacción entre el sitio CURAY de un transcrito y el sitio de ayuste 5’ de otro transcrito distinto. Luego, el sitio 5’ reacciona con el sitio 3’ de la misma molécula donde estaba el sitio de ramificación, por lo que se eliminan dos intrones simultáneamente de dos genes distintos, formando un intermediario en forma de Y.



Intrones que usan «madurasas»

Este tipo de intrones corresponden a los intrones del grupo I y del grupo II que aparecen en algunos de genes mitocondriales en hongos como cob (citocromo b) y cox1 (citocromo c oxidasa 1). En estos casos, el intrón contiene un marco abierto de lectura en fase con el exón que le precede. Este marco abierto codifica una madurasa que interviene de manera activa en el ayuste. Aunque el marco de lectura puede contener los codones de inicio y terminación, como es el caso del intrón que codifica la endonucleasa I-Dir1, lo normal es que se traduzcan a partir del ATG del mRNA, por lo que la maduración de estos intrones es obligadamente secuencial, puesto que hasta que no se madura uno, el intrón siguiente no entra en fase y no fabrica su propia madurasa.
Por ejemplo, el intrón 4 del gen cob es un intrón del tipo I (bI4) que codifica una madurasa para su propia escisión. Curiosamente esta madurasa es necesaria para que también se procese el 4. º Intrón de cox1 (aI4). aI4 también tiene un marco abierto de lectura muy homólogo a la madurasa pero codifica una endonucleasa «de corte infrecuente» (rare cut) que reconoce una secuencia de 18 nt. Esta secuencia sólo se obtiene cuando los exones 4 y 5 del gen cob o cox1 no están separados por el intrón, pues la secuencia diana de aI4 coincide con la de la unión de los exones 4 y 5 (los que enmarcan a bI4 y aI4). De hecho, esta endonucleasa sirve para propagar el intrón, por lo que presenta una movilidad similar a la de los transposones. Algunos intrones del grupo II contienen una ORF con actividad retrotranscriptasa que también sirve para el salto del intrón a otra posición.



Bibliografia 
ftp://ftp.utalca.cl/profesores/raherrera/.../av.../ayuste_otros.htm





martes, 8 de mayo de 2012

desarrollo



DESARROLLO

En las células eucariotas —la que todos nosotros tenemos— la transcripción (pasar de ADN a ARN mensajero) y la traducción (pasar del ARNm a proteínas) se da en diferentes compartimientos celulares. Sin embargo, las bacterias no tienen núcleo, así que estos dos procesos de la expresión genética están acopladas en espacio y tiempo, así que la traducción se inicia ni bien el sitio de unión del ribosoma (RBS) salga de la ARN polimerasa (ARNpol) 


Se demostró que este acoplamiento entre la ARN polimerasa y los ribosomas, en realidad, son importantes para aumentar la tasa de transcripción (copiar el ADN en ARN mensajero), lo cual tiene un efecto positivo en la expresión genética.
Cuando se disminuyó la velocidad de traducción de los ribosomas, mediante el uso de antibióticos que inhiben su funcionamiento y mutaciones que vuelven lento el proceso, la transcripción también se veía afectada de la misma manera, demostrando una clara dependencia de la ARN polimerasa en los ribosomas.
Cuando la secuencia de ARN mensajero tenía codones (tripletes de nucleótidos que codifican para un aminoácido) que no eran comúnmente usadas por las bacterias llamados “codones raros”, la velocidad de traducción también se veía afectada. El mismo efecto ocurrió en la transcripción, demostrando que el efecto era el mismo. Los ribosomas cooperaban con la ARN polimerasa para hacer su trabajo más rápido.
Cuando se bloqueó la unión de los ribosomas al ARN mensajero en formación, la transcripción se veía truncada por la interacción del ARN mensajero con el factor de terminación Rho. Los ribosomas evitan que se de esta interacción la cual genera una terminación prematura de la expresión genética.
Pero, el ARN ribosomal no llega a traducirse, por lo cual no se une a los ribosomas, como hace para evitar que el factor Rho evite su transcripción. Para esto ciertas moléculas llamadas factores de transcripción se unen al sitio de unión del factor de terminación Rho con la ADN polimerasa evitando que trunque la expresión del ADN ribosomal.


Hace un par de días habíamos hablado del como pudo haber sido el origen del código genético y, para que tenga una continuidad, hoy hablaremos de como funciona exactamente los ribosomas. Recordando: Los ribosomas son unas estructuras especializadas formadas por algo más de 50 proteínas y ARN ribosomal y se encarga de leer el ARN mensajero (ARNm) y traducirlo a proteínas a través de los codones del ARNm y los anticodones del ARN de transferencia (ARNt) que cargan en el otro extremo un determinado aminoácido…



Los ribosomas tienen tres sitios específicos: A (donde se un el ARNt recién llegadito con su aminoácido), P (donde está el ARNt que llegó antes y es donde se forma el enlace entre aminoácido y aminoácido) y E (donde va el ARNt después de haber perdido su aminoácido). Los ARNt pasan de un sitio a otro formando una cadena de aminoácidos conocida como proteína.
Usando una novedosa técnica que permite ver como funciona el ribosoma a un nivel molecular se hicieron diversos experimentos para entender como es el mecanismo de traducción del ARNm a proteínas.
Primero observaron que a bajas concentraciones de ARNt y enzimas, la velocidad de traducción era muy lenta (aproximadamente un aminoácido cada 20 segundos). El primer ARNt con su aminoácido llega al punto A y se forma el enlace peptídico con el aminoácido que estaba anteriormente en el sitio P, luego una enzima hace que los ARNt se muevan y el ARNt que estaba en P pasa a E (y se libera) y el que estaba en A pasa a P, dejando A libre para la llegada de otro ARNt con su aminoácido, todo esto tomaba 20 segundos. Sin embargo, al aumentar las concentraciones de enzimas y ARNt, la velocidad aumentó hasta 1 segundo por cada aminoácido.
Pero, si el ribosoma tiene tres sitios de unión con los ARNt, en algún momento estarán siendo ocupados por tres ARNt al mismo tiempo? Para esto experimentaron con altas concentraciones de enzimas y ARNt (para asegurarse que todo fuera más rápido y aumentar las probabilidades que estén los tres al mismo tiempo), pero observaron que ni bien entraba un nuevo ARNt al sitio A, el ARNt del sitio E era liberado. Siempre había dos ARNt en el ribosoma y nunca tres.
Así que se preguntaron si la llegada del ARNt al sitio A provocaba la liberación del ARNt del sitio E, o eran dos procesos independientes. Usando una molécula que retardaba a llegada del ARNt al sitio A demostraron que, el ARNt del sitio E, era liberado ni bien llegaba a este sitio y no necesitaba de la llegada del ARNt al sitio A para ser liberado.
También observaron que la velocidad dependía del tipo de aminoácido, los que no eran afines al agua (hidrofóbicos) eran mas lentos. De esta manera entendieron el mecanismo de funcionamiento de la traducción de la información genética a proteínas.








unidad VI




Unidad VI: Transcripción genética 



INSTITUTO TECNOLÓGICO DE CIUDAD ALTAMIRANO



 






Carrera: Licenciatura en Biología


Materia: biología molecular

Unidad VI: Transcripción genética


QUE PRESENTA:
Jovanny Uriel Arzate Chavez 



Altamirano, Gro. A 08 de Mayo del 2012





OBJETIVO:
Conoceremos los eventos de síntesis del ARN como molécula precursora de la síntesis proteica y su importancia en el funcionamiento de los seres vivos.






INTRODUCCIÓN



 LA TRANSCRIPCIÓN DEL DNA: EL RNA


La transcripción del DNA es un mecanismo fundamental para el control celular y para la expresión de la información genética. Este mecanismo permite que la información del DNA llegue al resto de orgánulos celulares y salga del núcleo en el caso de los eucariotas. Para ello esa información debe copiarse en forma de RNA.

La TRANSCRIPCIÓN es el proceso de copia de un gen o fragmento de DNA utilizando ribonucléotidos y originándose diferentes tipos de RNA. 




Elementos que intervienen

Para que se lleve a cabo la transcripción del DNA en las células se requieren los siguientes elementos:
 
·         DNA original que servirá de molde para ser copiado.
·         RNA-polimerasa: sintetiza el RNA a partir del molde del DNA.
·         Ribonucleótidos trifosfato para llevar a cabo la copia.
·         Poli-A polimerasa, ribonucleoproteína pequeña nuclear, RNA-ligasa.

Mecanismo
Al igual que en la replicación, existen diferencias entre procariotas y eucariotas, siendo las principales, la existencia de varias RNA-polimerasas en eucariotas y, sobre todo, la necesidad de que se produzca una "maduración", un procesamiento de algunos RNAs debido a la existencia de los intrones. El proceso se divide en tres etapas: 





·         Iniciación: La RNA-polimerasa se une a una zona del DNA previa al DNA que se quiere transcribir. A continuación se corta la hebra de DNA y se separan las dos cadenas, iniciándose el proceso de copia del DNA a transcribir; esta copia no requiere ningún cebador. Los ribonucléotidos se añaden en sentido  5'-3'.   En el caso de la  transcripción de un  gen que  codifica para una  proteína,  la RNA-polimerasa se une a una zona de control denominada PROMOTOR, que regula la actividad de la RNA-polimerasa y, por tanto, regula la expresión del gen.
·         Elongación: La RNA-polimerasa continúa añadiendo ribonucléotidos complementarios al DNA hasta que se llega a una determinada secuencia que indica a la polimerasa el final de la zona a transcribir. Cuando ya se han añadido unos 30 ribonucléotidos, en el extremo 3’ se une un nucleótido modificado de 7-metil guanosina, que forma lo que se denomina la “caperuza”, el “casquete” o el extremo “Cap”.
·         Terminación: La transcripción finaliza, y al RNA recién formado se le añade una cola de unos 200 nucleótidos de adenina, la cola de poli-A, agregada por la enzima poli-A polimerasa, que sirve para que el RNA no sea destruido por las nucleasas celulares.
·         Maduración de los productos de la transcripción: Se da en el núcleo de eucariotas y la realiza la enzima ribonucleoproteína pequeña nuclear (RNPpn), eliminando los intrones del RNA y quedando los exones libres para ser unidos por una RNA-ligasa.
Tras estos procesos se habrá formado un RNA, mensajero, transferente, ribosómico o nucleolar, que se desplazará hasta el lugar donde llevan a cabo su función, que generalmente es en el citoplasma.